Tijdens de oorlog gingen enkele Nederlandse oorlogsbodems door Japanse aanvallen verloren, waarbij militairen omkwamen. Het betrof de onderzeeboot O 16, de mijnenlegger Prins van Oranje, de Hr. Ms. De Ruyter en de de Hr. Ms. Java. De ondergang van deze laatste twee schepen wordt als een aparte gebeurtenis beschreven (Slag in de Javazee).

Binnen de Indische archipel werden door de Japanners grote groepen geallieerde krijgsgevangenen overzee getransporteerd om aan grote projecten tewerkgesteld te worden. De meeste scheepstransporten waren voor de krijgsgevangenen een verschrikking. Zij beseften heel goed dat hun schip het doelwit kon zijn van een geallieerde bom of torpedo. Duizenden mannen waren dicht opeengepakt in de smerige, benauwde en nauwelijks geventileerde ruimen van de doorgaans trage schepen. De gevangenen kregen weinig te eten en nog minder te drinken, waren regelmatig zeeziek, en niet zelden door dysenterie te verzwakt om op de aangewezen plek hun behoeften te doen. Ook zonder geallieerde aanvallen kwamen dan ook veel gevangenen tijdens de reis om het leven.

Door de geallieerden zijn tijdens de oorlog in Azië tientallen Japanse transportschepen aangevallen, waarbij circa 3.600 Nederlandse en Indo-Europese krijgsgevangenen, en een onbekend aantal inheemse arbeiders om het leven zijn gekomen. De Japanse transportschepen betrof de Harakiku Maru, de Tamahoku Maru, een onbekend Japans schip, de Fuji Maru, de Junyo Maru en de Suez Maru. 

Bron: http://www.indischekamparchieven.nl/nl/bezetting-en-bersiap/over-de-kampen/transporten.

De Fuji Maru (ook bekend als Hofuku Maru, Fuku Maru en Toyofuku Maru) was een Japans transportschip uit 1918 van 5825 bruto registerton. Het schip was onderdeel van konvooi SHIMI-05 waarbij 5 vrachtschepen vergezeld van 5 andere schepen van Singapore naar Miri (Borneo) voeren. In de vrachtschepen werden meer dan 5000 krijgsgevangenen vervoerd. Door motorproblemen belandde de Fuji Maru op 19 juli 1944 in Manilla. Tijdens het twee maanden durende verblijf waarbij de motoren werden gerepareerd bleven de gevangenen aan boord. Ze verbleven onder beestachtige omstandigheden in het schip, waarbij diverse mannen omkwamen door ziekte en gebrek aan eten en drinken. Op 20 september voer het schip weer uit in konvooi MATA-27. Nu was de bestemming voor de 11 deelnemende schepen Japan. Aan boord van de Fuji Maru waren 1289 Nederlandse en Britse krijgsgevangenen. Een dag later werden de schepen ten westen van het eiland Luzon door Amerikaanse bommenwerpers aangevallen. De Fuji Maru kreeg twee voltreffers waardoor het in twee minuten zonk. In totaal 1047 mannen hebben het niet overleefd.

Bron: www.japansekrijgsgevangenkampen.nl/Hofuku%20Maru.htm 

De Junyo Maru, een oud schip van 5065 ton, vertrok op 16 september 1944 vanuit de haven van Tandjong Priok (Jakarta) naar Emmahaven (Padang). Aan boord bevonden zich behalve de bemanning ongeveer 2300 Nederlandse, Britse, Australische en Amerikaanse krijgsgevangenen alsmede ca., 4200 Javaanse dwangarbeiders (romusha's) die aan de Sumatraspoorweg tewerk gesteld zouden worden. Op 18 september 1944 werd het schip door de Britse onderzeeboot HMS Tradewind in de Indische Oceaan bij Benkoelen getorpedeerd. Het aantal slachtoffers bedroeg tenminste 5626 personen. Dit is daarmee een van de grootste scheepsrampen aller tijden.

Bronnen: E. Melis en W. van Hamel, Nederlandse Zeemansgraven Tweede Wereldoorlog (Nijmegen 1988), p. 256,258 en 370; www.japansekrijgsgevangenkampen.nl.Junyo%20Maru.htm 

Het stoomschip Suez Maru van 4645 ton) vertrok op 25 november 1943 met 411 Engelse en 137 Nederlandse krijgsgevangenen uit Ambon met bestemming Soerabaja. Het waren allemaal zieken uit werkkampen op de Molukken en Ambon. Op 29 november 1943 werd het bij het eiland Kangean, ten oosten van Madoera, getorpedeerd door de Amerikaanse duikboot Bonefish. Hierbij kwamen de meeste krijgsgevangenen om door verdrinking in de ruimen van het schip. De mannen die het schip wisten te verlaten werden allen door de Japanners gemitrailleerd. Er waren geen overlevenden.

Bronnen: J.H.W. Veenstra, Als krijgsgevangene naar de Molukken en Flores (1982), p. 205-206 en 397-398; A. Jones, The Suez Maru Atrocity - Justice Denied (Hornchurch Essex, 2002); www.japansekrijgsgevangenkampen.nl/Suez%20Maru.htm